Dès l’ouverture des premiers cours publics d’histoire naturelle de l’école centrale de Samarcande, le muséum se pose en figure tutélaire de l’enseignement scientifique et de la diffusion des savoirs par les collections. Ses chercheurs expertisent les candidatures des professeurs, arbitrent les polémiques locales et discutent des idées mises en culture à Samarcande. L’importance de la correspondance conservée au muséum Samarcandois met au jour un véritable réseau scientifique. Débats épistolaires, visites aux galeries, les naturalistes, échangent idées et spécimens. Le muséum a par ailleurs formé plusieurs naturalistes réputés.